ATCC菌株汙染是實驗室細胞培養中常見的汙染。即使在細胞培養液中添加抗生素，也可能因操作不慎而造成汙染。常見的有革蘭氏陽性菌，如幹草杆菌、大腸杆菌、假單胞菌等革蘭氏陰性菌，其中白色葡萄球菌較為常見。培養細胞被細菌汙染後，培養液會變得渾濁，pH值會發生變化。汙染後，細胞會發生病理變化，細胞內顆粒會增加，變粗變圓，死亡。
在組織ATCC菌株培養過程中，如果潛在病毒沒有被去除，就會產生病毒汙染。目前，不少於20種血清病毒已經從原猴腎細胞的培養中發現。雖然病毒汙染的細胞不影響原始培養，但生產疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是生物製品生產中細胞大量生產和疫苗、幹擾素等的難題。由於細胞培養操作中細胞株所需的設備和溶液沒有嚴格分離，一個細胞往往會被另一個細胞汙染。目前，世界上有數十種大型ATC菌株被HeLa細胞汙染，而不是真實細胞。
酶免疫分析中ATCC菌株的應用 ATCC菌株因子在免疫調節過程中起著重要作用，ATCC菌株也可以用來識別微生物。McAb的應用不僅可以識別不同的病原體，還可以識別不同種類、類型、亞型和不同生命周期的抗原變化。流感病毒經常發生變異，導致反複流行。單克隆抗體可以區分流感病毒的微小變異，對流感的快速診斷、流行預測和疫苗的準備具有重要意義。
